Misimovic đã từng chơi cho Bayern Munich, nhưng gia nhập VfL Bochum vào đầu mùa 2004 - 2005 và sau đó chuyển tới FC Nuremberg vào tháng 7 năm 2007. Tiền vệ người Bosnia được đánh giá là một trong những cầu thủ kiến tạo hay nhất Bundesliga.

Misimovic ký hợp đồng 4 năm tới năm 2012 với Vfl Wolfsburg và họ trả 3,9 triệu Euro cho tuyển thủ Bosnia.